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明石幸次的父亲因告发企业内部的非法行为而被逼自杀，幸次的家庭也因此分崩离析。这时，在儿童福利院工作的北村向幸次伸出援手，在他看来，只要能守护孩子们，就算犯罪也在所不惜。在北村另类价值观的影响下，幸次心里燃起了报仇的火焰，人性的善与恶再次交锋。

2029年，公安九课在市容很像香港的日本城市“新港市”中执行各种秘密任务。九课因为不顾正当程序的自作主张，强硬行事，往往与政府其他部门起冲突，例如负责外交的公安六课就与九课不合。另一方面，九课之中的重要人物，全身是义体的机械生化人草薙素子，对于自己的现状一直隐隐感到不满。有一天，公安九课因为一件外国政要的刺杀未遂案而开始追查神秘的黑客“傀儡师”。傀儡师能透过网络入侵人脑，植入虚拟记忆，再利用记忆被窜改的对象来达成目的。虽然九课的追查没有成功，藏有傀儡师的“灵魂”的机械生化人却自行来到九课。公安六课随后赶来